| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-450-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-450 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUUGCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-450a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-450-P2 Cpo-Mir-450-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-450-P1 Cfa-Mir-450-P1 Cja-Mir-450-P1 Dno-Mir-450-P1 Eca-Mir-450-P1 Hsa-Mir-450-P1 Laf-Mir-450-P1 Mml-Mir-450-P1 Mmr-Mir-450-P1 Mmu-Mir-450-P1 Ocu-Mir-450-P1 Pab-Mir-450-P1 Rno-Mir-450-P1a Rno-Mir-450-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_128: 2873272-2873328 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-450-P1) |
Mir-450-P3
scaffold_128: 2872948-2873006 [-]
UCSC
Mir-450-P2 scaffold_128: 2873103-2873159 [-] UCSC Mir-450-P1 scaffold_128: 2873272-2873328 [-] UCSC Mir-542 scaffold_128: 2874159-2874217 [-] UCSC Mir-15-P2c scaffold_128: 2878959-2879021 [-] UCSC Mir-15-P1c scaffold_128: 2879319-2879377 [-] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAAACAAAGAAAAAAUGAUGCUAAACUAUUUUUGCGAUGUGUUCCUAAUAUGUAAUAUGAAUGUAUUGGGAACAUUUUGCAUUCAUAGUUUUGUGUCAAUAAUAUGCAGAAAGGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAAAACAAAGAAAAAAU--| U UUU U GUAAU GAUGC AAACUAU UGCGA GUGUUCCUAAUAU \ CUGUG UUUGAUA ACGUU UACAAGGGUUAUG A CCGGAAAGACGUAUAAUAA^ U CUU U UAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-450-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUUGCGAUGUGUUCCUAAUAU -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-450-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUUGGGAACAUUUUGCAUUCAU -57
Get sequence
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