| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-450-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-450 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUUGCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-450a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-450-P1 Mmu-Mir-450-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-450-P2 Cfa-Mir-450-P2 Cja-Mir-450-P2 Cpo-Mir-450-P2 Dno-Mir-450-P2 Eca-Mir-450-P2 Hsa-Mir-450-P2 Laf-Mir-450-P2 Mml-Mir-450-P2 Mmr-Mir-450-P2 Ocu-Mir-450-P2 Pab-Mir-450-P2 Rno-Mir-450-P2a Rno-Mir-450-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chrX: 53048171-53048227 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-450-P2) |
Mir-450-P3
chrX: 53048008-53048065 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 chrX: 53048171-53048227 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 chrX: 53048304-53048360 [-] UCSC Ensembl Mir-542 chrX: 53049414-53049474 [-] UCSC Ensembl Mir-351 chrX: 53053276-53053338 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c chrX: 53053987-53054049 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c-v3 chrX: 53054268-53054329 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c-v2 chrX: 53054269-53054328 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c-v1 chrX: 53054270-53054327 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCAGUGACCAAAGAGAGAUACUGAGCUGUUUUUGCGAUGUGUUCCUAAUAUGUGCUAUAAUUAUAUUGGGAACAUUUUGCAUAAAUAGCUUUGUGUCAAUACACAGGCAAAAGGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACCAGUGACCAAAGAGA--| U U U GUGCU GAUAC GAGCUGUUU UGCGA GUGUUCCUAAUAU \ CUGUG UUCGAUAAA ACGUU UACAAGGGUUAUA A UUGGAAAACGGACACAUAA^ U U U UUAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-450-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0001546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUUGCGAUGUGUUCCUAAUAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0001546 TargetScanVert: mmu-miR-450a-5p miRDB: MIMAT0001546 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmu-Mir-450-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0017182 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUUGGGAACAUUUUGCAUAAAU -57
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-450a-1-3p miRDB: MIMAT0017182 |
