MirGeneDB ID | Mmu-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-542 Cfa-Mir-542-v1 Cfa-Mir-542-v2 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Dno-Mir-542-v1 Dno-Mir-542-v2 Eca-Mir-542-v1 Eca-Mir-542-v2 Ete-Mir-542 Hsa-Mir-542-v1 Hsa-Mir-542-v2 Laf-Mir-542 Mml-Mir-542-v1 Mml-Mir-542-v2 Mmr-Mir-542-v1 Mmr-Mir-542-v2 Ocu-Mir-542-v1 Ocu-Mir-542-v2 Pab-Mir-542 Rno-Mir-542-P1a Rno-Mir-542-P1b Rno-Mir-542-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chrX: 53049414-53049474 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542) |
Mir-450-P3
chrX: 53048008-53048065 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 chrX: 53048171-53048227 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 chrX: 53048304-53048360 [-] UCSC Ensembl Mir-542 chrX: 53049414-53049474 [-] UCSC Ensembl Mir-351 chrX: 53053276-53053338 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c chrX: 53053987-53054049 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c-v3 chrX: 53054268-53054329 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c-v2 chrX: 53054269-53054328 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c-v1 chrX: 53054270-53054327 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAGGUUACACAUGCAGGGAUCUCAGACGUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCCCUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCACUCCUCUUCCUAAGAAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGAGGUUACACAUGCAG--| A GUC GG UCA AUACCA GG UCUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ CC AGGGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C UUAAGAAUCCUUCUCCUCA^ G GAA AA UAG CCGUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | The Drosha cut in murids is -1 and they do not express the second variant at relatively high levels relative to the other mammals. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Mir-542_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003171 TargetScanVert: mmu-miR-542-5p miRDB: MIMAT0003171 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Mir-542_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAAG -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003172 TargetScanVert: mmu-miR-542-3p miRDB: MIMAT0003172 |