| MirGeneDB ID | Hsa-Mir-542-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUGACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hsa-mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hsa-Mir-542-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-542 Cfa-Mir-542-v2 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Dno-Mir-542-v2 Eca-Mir-542-v2 Ete-Mir-542 Laf-Mir-542 Mml-Mir-542-v2 Mmr-Mir-542-v2 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v2 Pab-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (hg38) |
chrX: 134541365-134541421 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542-v2) |
Mir-450-P3
chrX: 134540195-134540252 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 chrX: 134540358-134540414 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 chrX: 134540529-134540585 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v1 chrX: 134541364-134541422 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v2 chrX: 134541365-134541421 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c chrX: 134546331-134546393 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c chrX: 134546643-134546701 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGUCAAGGAUGCACAGAUCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCAGUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCACUCAUCUUCAUAGCAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGGUCAAGGAUGCACAGA--| AUC GG UCA AUACCA UCUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ AGGGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC G AACGAUACUUCUACUCACCG^ GAA AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hsa-Mir-542-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGGAUCAUCAUGUCACGAGA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003340 TargetScanVert: hsa-miR-542-5p TargetMiner: hsa-miR-542-5p miRDB: MIMAT0003340 |
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| Mature sequence | Hsa-Mir-542-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003389 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UUGUGACAGAUUGAUAACUGAA -57
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003389 TargetScanVert: hsa-miR-542-3p TargetMiner: hsa-miR-542-3p miRDB: MIMAT0003389 |
