| MirGeneDB ID | Bta-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bta-mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-542-v1 Cfa-Mir-542-v2 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Dno-Mir-542-v1 Dno-Mir-542-v2 Eca-Mir-542-v1 Eca-Mir-542-v2 Ete-Mir-542 Hsa-Mir-542-v1 Hsa-Mir-542-v2 Laf-Mir-542 Mml-Mir-542-v1 Mml-Mir-542-v2 Mmr-Mir-542-v1 Mmr-Mir-542-v2 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v1 Ocu-Mir-542-v2 Pab-Mir-542 Rno-Mir-542-P1a Rno-Mir-542-P1b Rno-Mir-542-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037357.1: 18237457-18237515 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542) |
Mir-450-P3
NC_037357.1: 18236226-18236283 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 NC_037357.1: 18236396-18236452 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 NC_037357.1: 18236541-18236597 [-] UCSC Ensembl Mir-542 NC_037357.1: 18237457-18237515 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c NC_037357.1: 18242411-18242473 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c NC_037357.1: 18242762-18242820 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAGUCAAGGAUGCACAGACCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCGCUCAUCUUCACAGCAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGAGUCAAGGAUGCACAGAC--| AUC GG UCA AUACCA CUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ GGGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C UAACGACACUUCUACUCGCCGA^ GAA AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bta-Mir-542_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0013594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGGGAUCAUCAUGUCACGAG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-542-5p |
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| Mature sequence | Bta-Mir-542_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -59
Get sequence
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