| MirGeneDB ID | Pab-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-542 Cfa-Mir-542-v1 Cfa-Mir-542-v2 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Dno-Mir-542-v1 Dno-Mir-542-v2 Eca-Mir-542-v1 Eca-Mir-542-v2 Ete-Mir-542 Hsa-Mir-542-v1 Hsa-Mir-542-v2 Laf-Mir-542 Mml-Mir-542-v1 Mml-Mir-542-v2 Mmr-Mir-542-v1 Mmr-Mir-542-v2 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v1 Ocu-Mir-542-v2 Rno-Mir-542-P1a Rno-Mir-542-P1b Rno-Mir-542-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 140562939-140562997 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCGGUCAAGGAUGCACAGAUCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCAGUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCACUCAUCUUCGUAGCAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCGGUCAAGGAUGCACAGA--| AUC GG UCA AUACCA UCUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ AGGGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC G AAACGAUGCUUCUACUCACCG^ GAA AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pab-Mir-542_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGGGAUCAUCAUGUCACGAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pab-Mir-542_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -59
Get sequence
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