MirGeneDB ID | Ete-Mir-542 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-542 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGACAG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-542 Cfa-Mir-542-v1 Cfa-Mir-542-v2 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Dno-Mir-542-v1 Dno-Mir-542-v2 Eca-Mir-542-v1 Eca-Mir-542-v2 Hsa-Mir-542-v1 Hsa-Mir-542-v2 Laf-Mir-542 Mml-Mir-542-v1 Mml-Mir-542-v2 Mmr-Mir-542-v1 Mmr-Mir-542-v2 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v1 Ocu-Mir-542-v2 Pab-Mir-542 Rno-Mir-542-P1a Rno-Mir-542-P1b Rno-Mir-542-P1c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (echTel2) |
JH980394: 620285-620341 [+] UCSC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCUCAUUGGCAAUCCAGACCUUAGGCAUUUCGGGGAUCCCUGUCAUGGGAUACCACUGCAUACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUUUAGGGCCUCUUGGUCUCCUAGUAACCGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGCUCAUUGGCAAUCCA-- A A GG C--| UG AUACCA G CCUUAGGC UUUCGG AUC CUGUCA GG \ C GGGAUUUG AAAGUC UAG GACAGU UC C CCAAUGAUCCUCUGGUUCU C G AA UUA^ GU AUACGU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ete-Mir-542_5p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGGGGAUCCCUGUCAUGGG -20
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ete-Mir-542_3p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -57
Get sequence
|