| MirGeneDB ID | Laf-Mir-542 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-542 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUGACAG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-542 Cfa-Mir-542-v1 Cfa-Mir-542-v2 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Dno-Mir-542-v1 Dno-Mir-542-v2 Eca-Mir-542-v1 Eca-Mir-542-v2 Ete-Mir-542 Hsa-Mir-542-v1 Hsa-Mir-542-v2 Mml-Mir-542-v1 Mml-Mir-542-v2 Mmr-Mir-542-v1 Mmr-Mir-542-v2 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v1 Ocu-Mir-542-v2 Pab-Mir-542 Rno-Mir-542-P1a Rno-Mir-542-P1b Rno-Mir-542-P1c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010127.1: 4458476-4458534 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGGUCAAGGAUGCACAGACCUCAGACAUUUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCACUCAUCUUCGUAGCAAUGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGGGUCAAGGAUGCACAGAC--| A GG UCA AUACCA CUCAGAC UUUCGG AUCA UGUCACGAG \ GGGUCUG AAAGUC UAGU ACAGUGUUC C UAACGAUGCUUCUACUCACCGA^ G AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-542_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGGGAUCAUCAUGUCACGAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-542_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -59
Get sequence
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