MirGeneDB ID | Eca-Mir-542-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-542-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-542 Cfa-Mir-542-v1 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Dno-Mir-542-v1 Ete-Mir-542 Hsa-Mir-542-v1 Laf-Mir-542 Mml-Mir-542-v1 Mmr-Mir-542-v1 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v1 Pab-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 111016323-111016381 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542-v1) |
Mir-450-P3
CM009179.1: 111015235-111015292 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 CM009179.1: 111015405-111015461 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 CM009179.1: 111015538-111015594 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v1 CM009179.1: 111016323-111016381 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c CM009179.1: 111021117-111021179 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c CM009179.1: 111021472-111021530 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAAAUUUUGAGUCAAGGACCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCAUUCAUCCUCAUGGCAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGAAAUUUUGAGUCAAGGAC--| AUC GG UCA AUACCA CUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ GGGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C UAACGGUACUCCUACUUACCGA^ GAA AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-542-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0013237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGGGGAUCAUCAUGUCACGAG -22
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-542-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0013238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -59
Get sequence
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