MirGeneDB ID | Mmu-Mir-506-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-547 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-506-P1 Mmu-Mir-506-P7 Mmu-Mir-506-P14 Mmu-Mir-506-P15a Mmu-Mir-506-P15b1 Mmu-Mir-506-P15b2 Mmu-Mir-506-P15c1 Mmu-Mir-506-P15c2 Mmu-Mir-506-P15d Mmu-Mir-506-P16 Mmu-Mir-506-P17 Mmu-Mir-506-P18 Mmu-Mir-506-P19 Mmu-Mir-506-P20 Mmu-Mir-506-P21 Mmu-Mir-506-P22 Mmu-Mir-506-P23 Mmu-Mir-506-P24 Mmu-Mir-506-P25 Mmu-Mir-506-P26 Mmu-Mir-506-P27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-506-P2f Bta-Mir-506-P2g Bta-Mir-506-P2h Cfa-Mir-506-P2d Cfa-Mir-506-P2e Cpo-Mir-506-o2 Cpo-Mir-506-P2a Cpo-Mir-506-P2b Cpo-Mir-506-P2c Dno-Mir-506-P2 Hsa-Mir-506-P2 Mml-Mir-506-P2 Ocu-Mir-506-P2 Rno-Mir-506-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chrX: 67988383-67988440 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P2) |
Mir-506-P1
chrX: 67988099-67988156 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P2 chrX: 67988383-67988440 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P7 chrX: 68010114-68010170 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCACCUUCACUCAUGUAGUGUGUGAUGUAUCACUUGAGGAUGUACCACCCAUUUAACAGGAAACAUGCUUGGUACAUCUUUGAGUGAGAUAACACACAACAGCUACCACCUCAAUACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCACCUUCACUCAUGUAG--| A A UG CC UUUAAC UGUGUG UGU UCACU AGGAUGUACCA CA A ACACAC AUA AGUGA UUCUACAUGGU GU G UCAUAACUCCACCAUCGACA^ A G GU UC ACAAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mmu-Mir-506-P2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0017210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CACUUGAGGAUGUACCACCCA -21
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-547-5p miRDB: MIMAT0017210 |
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Mature sequence | Mmu-Mir-506-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CUUGGUACAUCUUUGAGUGAG -58
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003173 TargetScanVert: mmu-miR-547-3p miRDB: MIMAT0003173 |