MirGeneDB ID | Mmu-Mir-506-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUCAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-506-P2 Mmu-Mir-506-P7 Mmu-Mir-506-P14 Mmu-Mir-506-P15a Mmu-Mir-506-P15b1 Mmu-Mir-506-P15b2 Mmu-Mir-506-P15c1 Mmu-Mir-506-P15c2 Mmu-Mir-506-P15d Mmu-Mir-506-P16 Mmu-Mir-506-P17 Mmu-Mir-506-P18 Mmu-Mir-506-P19 Mmu-Mir-506-P20 Mmu-Mir-506-P21 Mmu-Mir-506-P22 Mmu-Mir-506-P23 Mmu-Mir-506-P24 Mmu-Mir-506-P25 Mmu-Mir-506-P26 Mmu-Mir-506-P27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-506-P1 Cfa-Mir-506-P1 Cpo-Mir-506-o1 Cpo-Mir-506-P1 Dno-Mir-506-P1 Hsa-Mir-506-P1 Mml-Mir-506-P1 Ocu-Mir-506-P1 Rno-Mir-506-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chrX: 67988099-67988156 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P1) |
Mir-506-P1
chrX: 67988099-67988156 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P2 chrX: 67988383-67988440 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P7 chrX: 68010114-68010170 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUACUUUCAAUGAUGCUGUGUACAGUACCUUACUCAGUAAGGCAUUGUUCUUCUAUAUUAAUAAAUGAACAGUGCCUUUCUGUGUAGGGUAAUGUGCAACAUGGACAACAUUUGUGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUACUUUCAAUGAUGCUG--| G U U UUCUAUA UGUACA UACCUUAC CAG AAGGCAUUGUUC U ACGUGU AUGGGAUG GUC UUCCGUGACAAG U UGGUGUUUACAACAGGUACA^ A U U UAAAUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-506-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000234 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUCAGUAAGGCAUUGUUCUUC -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000234 TargetScanVert: mmu-miR-201-5p miRDB: MIMAT0000234 |
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Star sequence | Mmu-Mir-506-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0017001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGAACAGUGCCUUUCUGUGUAGG -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-201-3p miRDB: MIMAT0017001 |