MirGeneDB ID | Mmu-Mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-599 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGAUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-599 Bta-Mir-599 Cfa-Mir-599 Cli-Mir-599 Cpi-Mir-599 Ete-Mir-599 Hsa-Mir-599 Lch-Mir-599 Mdo-Mir-599 Mml-Mir-599 Mun-Mir-599 Oan-Mir-599 Ocu-Mir-599 Pbv-Mir-599 Sha-Mir-599 Spt-Mir-599 Tgu-Mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr15: 35660844-35660902 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-599) |
Mir-599
chr15: 35660844-35660902 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-875 chr15: 35660981-35661037 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCACCACAAAGAUGUGCUGUCCACAGUGUAUUUGAUAAGAUGACAUAGGAGAGGAACUUCUUUCACCUUUGUGUCAGUUUAUCAAACCCAUACCUGGAUGACAAGCAAUUCAAUGGAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCACCACAAAGAUGUGCU-- CA-| UA A G AGGAACU GUCCA GUG UUUGAUAAG UGACAUAG AG \ UAGGU UAC AAACUAUUU ACUGUGUU UC U GAAGGUAACUUAACGAACAG CCA^ CC G - CACUUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-599_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUGAUAAGAUGACAUAGGAGA -22
Get sequence
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Star sequence | Mmu-Mir-599_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0012772 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UUGUGUCAGUUUAUCAAACCC -59
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0012772 TargetScanVert: mmu-miR-599 miRDB: MIMAT0012772 |