MirGeneDB ID | Ami-Mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-599 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGAUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-599 Cfa-Mir-599 Cja-Mir-599 Cli-Mir-599 Cpi-Mir-599 Eca-Mir-599 Ete-Mir-599 Hsa-Mir-599 Laf-Mir-599 Lch-Mir-599 Mdo-Mir-599 Mml-Mir-599 Mmr-Mir-599 Mmu-Mir-599 Mun-Mir-599 Neu-Mir-599 Oan-Mir-599 Ocu-Mir-599 Pab-Mir-599 Pbv-Mir-599 Sha-Mir-599 Spt-Mir-599 Tgu-Mir-599 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017712118.1: 18806757-18806815 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-599) |
Mir-875
NW_017712118.1: 18806611-18806667 [+]
UCSC
Mir-599 NW_017712118.1: 18806757-18806815 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAUAUGAAAGACAUAUUGUCCAUAGUGUGUUUGAUAAGCUGACAUGGGACAGGAGUUCUUUUCACUGUUGUGUCAGUUUAUCAAACCCAUACCUGGACAUCAGUCAAAUACUAUAAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAAUAUGAAAGACAUAU-- UA-| U GG GGAGUU UGUCCA GUG GUUUGAUAAGCUGACAU GACA C ACAGGU UAC CAAACUAUUUGACUGUG UUGU U AAAAUAUCAUAAACUGACU CCA^ C -- CACUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-599_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUGAUAAGCUGACAUGGGACA -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Ami-Mir-599_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GUUGUGUCAGUUUAUCAAACCC -59
Get sequence
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