MirGeneDB ID | Pab-Mir-1912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1912 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-1912 Cfa-Mir-1912 Cja-Mir-1912 Cpo-Mir-1912 Eca-Mir-1912 Ete-Mir-1912 Hsa-Mir-1912 Laf-Mir-1912 Mml-Mir-1912 Mmr-Mir-1912 Mmu-Mir-1912 Ocu-Mir-1912 Rno-Mir-1912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 120500650-120500703 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCACAACUGGACUUGGCUCUAGGAUGUGCUCAUUGCAUGGGCUGUGUAUAGUAUUAUUCAAUACCCAGAGCAUGCAGUGUGAACAUAAUAGAGAUUGAAAGACAGCCAGAAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUCACAACUGGACUUGG---| GG GCU GG U AGUAU CUCUA AUGU CAUUGCAUG CUG GUAU \ GAGAU UACA GUGACGUAC GAC CAUA U GGAAGACCGACAGAAAGUUA^ AA AGU GA C ACUUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-1912_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAUUGCAUGGGCUGUGUAUA -21
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-1912_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
32- UACCCAGAGCAUGCAGUGUGAA -54
Get sequence
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