MirGeneDB ID | Eca-Mir-1912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1912 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-1912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-1912 Cfa-Mir-1912 Cja-Mir-1912 Cpo-Mir-1912 Ete-Mir-1912 Hsa-Mir-1912 Laf-Mir-1912 Mml-Mir-1912 Mmr-Mir-1912 Mmu-Mir-1912 Ocu-Mir-1912 Pab-Mir-1912 Rno-Mir-1912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 94829682-94829736 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1912) |
Mir-1912
CM009179.1: 94829682-94829736 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1264 CM009179.1: 94830798-94830860 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUCACAGCUGGACUUGGCUCUAGGAUGUGCUCAUUGCAUGGGCUGUGUAUAUUUUUAUUCAAUACCCAGAGCGUGCAGUGUGAACAUAAUAGAGAUUGAAAGACAGCCAAAAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAUCACAGCUGGACUUGG--| GG GCU GG U AUUUU CUCUA AUGU CAUUGCAUG CUG GUAU \ GAGAU UACA GUGACGUGC GAC CAUA U GGAAAACCGACAGAAAGUUA^ AA AGU GA C ACUUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-1912_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUCAUUGCAUGGGCUGUGUAUA -22
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-1912_3p (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0013201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
33- UACCCAGAGCGUGCAGUGUGAA -55
Get sequence
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