MirGeneDB ID | Pbv-Mir-10-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pbv-mir-99b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pbv-Mir-10-P1b-v1 Pbv-Mir-10-P1b-v2 Pbv-Mir-10-P1c-v1 Pbv-Mir-10-P1c-v2 Pbv-Mir-10-P1d-v1 Pbv-Mir-10-P1d-v2 Pbv-Mir-10-P2c Pbv-Mir-10-P2d Pbv-Mir-10-P3b Pbv-Mir-10-P3c Pbv-Mir-10-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-10-P2 Aca-Mir-10-P2b Ami-Mir-10-P2b Bfl-Mir-10-P2-v1 Bfl-Mir-10-P2-v2 Bge-Mir-10-P2 Bla-Mir-10-P2-v1 Bla-Mir-10-P2-v2 Bpl-Mir-10-P2 Bta-Mir-10-P2b Cbr-Mir-10-P2 Cel-Mir-10-P2 Cfa-Mir-10-P2b Cgi-Mir-10-P2 Cin-Mir-10-P2 Cpi-Mir-10-P2b Cpo-Mir-10-P2b Cte-Mir-10-P2 Dan-Mir-10-P2 Dma-Mir-10-P2 Dme-Mir-10-P2 Dmo-Mir-10-P2 Dpu-Mir-10-P2 Dsi-Mir-10-P2 Dya-Mir-10-P2 Ete-Mir-10-P2b Gja-Mir-10-P2b Hsa-Mir-10-P2b Isc-Mir-10-P2 Lan-Mir-10-P2 Lch-Mir-10-P2b Lgi-Mir-10-P2 Mml-Mir-10-P2b Mmu-Mir-10-P2b Mun-Mir-10-P2b Npo-Mir-10-P2 Nve-Mir-10 Oan-Mir-10-P2b Obi-Mir-10-P2 Ocu-Mir-10-P2b Ovu-Mir-10-P2 Pfl-Mir-10-P2 Pmi-Mir-10-P2 Rno-Mir-10-P2b Sha-Mir-10-P2b Sko-Mir-10-P2 Spt-Mir-10-P2b Sto-Mir-10-P2b Tca-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2 Xbo-Mir-10-P2-as Xla-Mir-10-P2b1 Xla-Mir-10-P2b2 Xtr-Mir-10-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE959282.1: 28275-28334 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P2b) |
Mir-10-P3b
KE959282.1: 18903-18962 [-]
Let-7-P1b KE959282.1: 26491-26558 [-] Mir-10-P2b KE959282.1: 28275-28334 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUCCUGCUGUGGCUUUGCCGGUUGCCAUAAACCCGUAGAUCCGAACUUGCGGUACGACUGCCUCACACAAGCUCGAGUCUGUGGGUAUGUGUCGACCUUGGCCAAGACCUCCUGAGAUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCUCCUGCUGUGGCUUUGCC--| C A UC A CGGUACGA GGUUG CAUA ACCCGUAGA CGA CUUG C CCAGC GUGU UGGGUGUCU GCU GAAC U GUAGAGUCCUCCAGAACCGGUU^ U A GA C ACACUCCG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | Based on the 3' moR reads in human (P2b) and platypus (P2c) it appears that this is a Group 2 miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pbv-Mir-10-P2b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038897 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACCCGUAGAUCCGAACUUGCG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pbv-Mir-10-P2b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAAGCUCGAGUCUGUGGGUAUG -60
Get sequence
|