MirGeneDB ID | Rno-Mir-430-P5b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-430-P1 Rno-Mir-430-P3 Rno-Mir-430-P4 Rno-Mir-430-P5a Rno-Mir-430-P5c Rno-Mir-430-P6a Rno-Mir-430-P6b Rno-Mir-430-P7a Rno-Mir-430-P7b Rno-Mir-430-P7c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-430-P5 Cja-Mir-430-P5 Cpo-Mir-430-P5 Dno-Mir-430-P5 Eca-Mir-430-P5 Ete-Mir-430-P5 Hsa-Mir-430-P5 Laf-Mir-430-P5 Mml-Mir-430-P5 Mmu-Mir-430-P5b Ocu-Mir-430-P5 Pab-Mir-430-P5 Xtr-Mir-430-o5b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr1: 64538128-64538189 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P5b) |
Mir-430-P6b
chr1: 64536633-64536691 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P7c chr1: 64536751-64536808 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P5c chr1: 64537114-64537171 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P7b chr1: 64537854-64537910 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P5b chr1: 64538128-64538189 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P7a chr1: 64538418-64538475 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P5a chr1: 64538716-64538773 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCAUUAACCCUUGACGUCCAACCUGUGAUACUCAAACUGGGGGCUCUUUUGGGUUUUCUUUGGAAGAAAAGUGCCGCCAGGUUUUGAGUGUUACCGAUUGAGAACUGCUGCAAAGCUAGGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGCAUUAACCCUUGACG- - CCU --| G U GGGUUUU UC CAA GUGAUACUCAAA CUGG GGC CUUUU C AG GUU CAUUGUGAGUUU GACC CCG GAAAA U CGGAUCGAAACGUCGUCA A AGC UG^ G U GAAGGUU 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rno-Mir-430-P5b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0000896 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUCAAACUGGGGGCUCUUUUG -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000896 TargetScanVert: rno-miR-292-5p miRDB: MIMAT0000896 |
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Mature sequence | Rno-Mir-430-P5b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000897 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AAAGUGCCGCCAGGUUUUGAGUGU -62
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000897 TargetScanVert: rno-miR-292-3p miRDB: MIMAT0000897 |