MirGeneDB ID | Sme-Mir-2-o122a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-2a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-2-o122b Sme-Mir-2-o123 Sme-Mir-2-o124 Sme-Mir-2-o125 Sme-Mir-2-o126 Sme-Mir-2-o127 Sme-Mir-2-o128 Sme-Mir-2-o129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000035_dd_Smes_g4_35: 577882-577946 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o122a) |
Mir-71-o1a
NNSW01000035_dd_Smes_g4_35: 577784-577841 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o122a NNSW01000035_dd_Smes_g4_35: 577882-577946 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACGAUCGUAAUAUCAGUUCAUUUAUGUGAGUUCCAGUGUGCUAUGAUGUAUAUUUCUAAAAAUUUUCUAUAUAUCACAGCCCCGCUUGGAACGCUAAUUAAUGAAUAAUCAUUCAUAAUAUUUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AACGAUCGUAAUAUCAG-- U GUGA - U-| A UAUUUCUAA UUCAUU AU GUUCC AGUG GCU UGAUGUA \ AAGUAA UA CAAGG UCGC CGA ACUAUAU A AUUUAUAAUACUUACUAAU U AUCG U CC^ C AUCUUUUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sme-Mir-2-o122a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0003964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUUCCAGUGUGCUAUGAUGUA -21
Get sequence
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Mature sequence | Sme-Mir-2-o122a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UAUCACAGCCCCGCUUGGAACGC -65
Get sequence
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