MirGeneDB ID | Sme-Mir-2-o126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCAUCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-2-o122a Sme-Mir-2-o122b Sme-Mir-2-o123 Sme-Mir-2-o124 Sme-Mir-2-o125 Sme-Mir-2-o127 Sme-Mir-2-o128 Sme-Mir-2-o129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000006_dd_Smes_g4_6: 2195588-2195642 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o126) |
Mir-71-o3
NNSW01000006_dd_Smes_g4_6: 2195478-2195544 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o126 NNSW01000006_dd_Smes_g4_6: 2195588-2195642 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCGUCAUUAUUUCUUUUUCAAAUACAAAAAUCAUCAAUUUGGUCUGUUAUAAAUGGCUUUUAUCACAGCCAAAACUGAUGAUCUUAUAAAUUUGUCAAACAUCCCAAUUUAGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUCGUCAUUAUUUCUUUUU- ACAAAA- A-| U U AAUG CAAAU AUCAUCA UUUGG CUGU AUA \ GUUUA UAGUAGU AAACC GACA UAU G ACGAUUUAACCCUACAAACU AAUAUUC CA^ - C UUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sme-Mir-2-o126_5p |
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mirBase accession | MIMAT0012094 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUCAUCAAUUUGGUCUGUUAUA -22
Get sequence
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Star sequence | Sme-Mir-2-o126_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0003967 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
33- UCACAGCCAAAACUGAUGAUCU -55
Get sequence
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