| MirGeneDB ID | Xla-Mir-1-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-1-P1a Xla-Mir-1-P2c Xla-Mir-1-P2d Xla-Mir-1-P3a Xla-Mir-1-P3b Xla-Mir-1-P4a Xla-Mir-1-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P1 Ami-Mir-1-P1 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Bta-Mir-1-P1 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cfa-Mir-1-P1 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P1 Cmi-Mir-1-P1 Cpi-Mir-1-P1 Cpo-Mir-1-P1 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dno-Mir-1-P1 Dpu-Mir-1 Dre-Mir-1-P1 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Ete-Mir-1-P1 Gga-Mir-1-P1 Gja-Mir-1-P1 Gmo-Mir-1-P1 Hme-Mir-1 Hsa-Mir-1-P1 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P1 Lgi-Mir-1 Loc-Mir-1-P1 Mal-Mir-1-P1 Mdo-Mir-1-P1 Mml-Mir-1-P1 Mmu-Mir-1-P1 Mun-Mir-1-P1 Oan-Mir-1-P1 Obi-Mir-1 Ocu-Mir-1-P1 Ovu-Mir-1 Pbv-Mir-1-P1 Pfl-Mir-1 Pma-Mir-1-o1 Pmi-Mir-1 Rno-Mir-1-P1 Sha-Mir-1-P1 Sko-Mir-1 Spt-Mir-1-P1 Spu-Mir-1 Sto-Mir-1-P1 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P1 Tni-Mir-1-P1 Xbo-Mir-1 Xtr-Mir-1-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030735.1: 85999311-85999371 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P1b) |
Mir-133-P1b-v1
NC_030735.1: 85996921-85996980 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P1b-v2 NC_030735.1: 85996921-85996980 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAAAGAGCUUAUAUCUAUCUGCUUAAAGUACAUACUUCUUUAUGUACCCAUAUGAACAUACAAUGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUUUUUAUCAGGUACUGAACACCGGCCAAUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAAAGAGCUUAUAUCU--| CUU AC UGAACA AUCUG AAAGUACAUACUUCUUUAUGU CCAUA U UGGAC UUUUAUGUAUGAAGAAAUGUA GGUAU A CGUAACCGGCCACAAGUCA^ UAU A- CGUAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-1-P1b_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAUACUUCUUUAUGUACCCAUA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-1-P1b_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAU -61
Get sequence
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