MirGeneDB ID | Xla-Mir-1-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-1-P1a Xla-Mir-1-P1b Xla-Mir-1-P2c Xla-Mir-1-P3a Xla-Mir-1-P3b Xla-Mir-1-P4a Xla-Mir-1-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P2 Ami-Mir-1-P2 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Bta-Mir-1-P2 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cfa-Mir-1-P2 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P2 Cpi-Mir-1-P2 Cpo-Mir-1-P2 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dno-Mir-1-P2 Dpu-Mir-1 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Ete-Mir-1-P2 Gga-Mir-1-P2 Hme-Mir-1 Hsa-Mir-1-P2 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P2 Lgi-Mir-1 Loc-Mir-1-P2 Mdo-Mir-1-P2 Mml-Mir-1-P2 Mmu-Mir-1-P2 Mun-Mir-1-P2 Oan-Mir-1-P2 Obi-Mir-1 Ocu-Mir-1-P2 Ovu-Mir-1 Pbv-Mir-1-P2 Pfl-Mir-1 Pma-Mir-1-o2 Pmi-Mir-1 Rno-Mir-1-P2 Sha-Mir-1-P2 Sko-Mir-1 Spt-Mir-1-P2 Spu-Mir-1 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P2 Xbo-Mir-1 Xtr-Mir-1-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030733.1: 130017669-130017728 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P2d) |
Mir-133-P2d-v1
NC_030733.1: 130020489-130020547 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P2d-v2 NC_030733.1: 130020489-130020547 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUAUGAAGGGUGAAUUACUCACGGGAGGUCACAUGCUUCUUUAUAUACCCAUAUGAACUACAUUGCUAUGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGGCUUCUCUGAGUCCAUCUCAGCAUUAACCCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUAUGAAGGGUGAAUUA---| C AC UGAACU CUCA GGGAGGUCACAUGCUUCUUUAUAU CCAUA \ GAGU CUCUUCGGUGUGUGAAGGAAUGUA GGUAU A UCCCAAUUACGACUCUACCU^ - A- CGUUAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xla-Mir-1-P2d_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAUGCUUCUUUAUAUACCCAUA -23
Get sequence
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Mature sequence | Xla-Mir-1-P2d_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG -60
Get sequence
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