MirGeneDB ID | Tgu-Mir-1-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tgu-Mir-1-P1 Tgu-Mir-1-P3 Tgu-Mir-1-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P2 Ami-Mir-1-P2 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Bta-Mir-1-P2 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cfa-Mir-1-P2 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P2 Cpi-Mir-1-P2 Cpo-Mir-1-P2 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dno-Mir-1-P2 Dpu-Mir-1 Dre-Mir-1-P2a Dre-Mir-1-P2b Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Ete-Mir-1-P2 Gga-Mir-1-P2 Gja-Mir-1-P2e Gja-Mir-1-P2f Gmo-Mir-1-P2a Hme-Mir-1 Hsa-Mir-1-P2 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P2 Lgi-Mir-1 Loc-Mir-1-P2 Mal-Mir-1-P2a Mdo-Mir-1-P2 Mml-Mir-1-P2 Mmu-Mir-1-P2 Mun-Mir-1-P2 Oan-Mir-1-P2 Obi-Mir-1 Ocu-Mir-1-P2 Ovu-Mir-1 Pbv-Mir-1-P2 Pfl-Mir-1 Pma-Mir-1-o2 Pmi-Mir-1 Rno-Mir-1-P2 Sha-Mir-1-P2 Sko-Mir-1 Spt-Mir-1-P2 Spu-Mir-1 Tca-Mir-1 Tni-Mir-1-P2a Xbo-Mir-1 Xla-Mir-1-P2c Xla-Mir-1-P2d Xtr-Mir-1-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
3: 4387733-4387792 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P2) |
Mir-133-P2-v1
3: 4383548-4383606 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P2-v2 3: 4383548-4383606 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGCACAAUCCAGGCUUCUCUUAUGAGAUGACAUGCUUCUUUAUAUCCCCAUAUGGAUUAGGCUGCUAUGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGGUUUCAGGGAGACAUCGCCCGUGUCCUCUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGGCACAAUCCAGGCUU---| A G CC UGGAUU CUCUU UGAGAU ACAUGCUUCUUUAUAU CCAUA \ GAGGG ACUUUG UGUGUGAAGGAAUGUA GGUAU A CGUCUCCUGUGCCCGCUACA^ - G A- CGUCGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tgu-Mir-1-P2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAUGCUUCUUUAUAUCCCCAUA -23
Get sequence
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Mature sequence | Tgu-Mir-1-P2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG -60
Get sequence
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