| MirGeneDB ID | Oan-Mir-1-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-1-P1 Oan-Mir-1-P3 Oan-Mir-1-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P2 Ami-Mir-1-P2 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Bta-Mir-1-P2 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cfa-Mir-1-P2 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P2 Cpi-Mir-1-P2 Cpo-Mir-1-P2 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dno-Mir-1-P2 Dpu-Mir-1 Dre-Mir-1-P2a Dre-Mir-1-P2b Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Ete-Mir-1-P2 Gga-Mir-1-P2 Gja-Mir-1-P2e Gja-Mir-1-P2f Gmo-Mir-1-P2a Hme-Mir-1 Hsa-Mir-1-P2 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P2 Lgi-Mir-1 Loc-Mir-1-P2 Mal-Mir-1-P2a Mdo-Mir-1-P2 Mml-Mir-1-P2 Mmu-Mir-1-P2 Mun-Mir-1-P2 Obi-Mir-1 Ocu-Mir-1-P2 Ovu-Mir-1 Pbv-Mir-1-P2 Pfl-Mir-1 Pma-Mir-1-o2 Pmi-Mir-1 Rno-Mir-1-P2 Sha-Mir-1-P2 Sko-Mir-1 Spt-Mir-1-P2 Spu-Mir-1 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P2 Tni-Mir-1-P2a Xbo-Mir-1 Xla-Mir-1-P2c Xla-Mir-1-P2d Xtr-Mir-1-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041749.1: 16298545-16298604 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P2) |
Mir-1-P2
NC_041749.1: 16298545-16298604 [+]
Mir-133-P2-v1 NC_041749.1: 16303147-16303205 [+] Mir-133-P2-v2 NC_041749.1: 16303147-16303205 [+] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCCGCCCCGGCCAACUGCUCUCCGAGACAACAUGCUUCUUUAUAUCCCCAUAUGGAUUACGCUGCUAUGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGGUUUCGGGCCAGAGCCCUCCCGGCCGCCUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGCCGCCCCGGCCAACUGCUC--| A CC UGGAUU UCCGAGAC ACAUGCUUCUUUAUAU CCAUA \ GGGCUUUG UGUGUGAAGGAAUGUA GGUAU A ACUCCGCCGGCCCUCCCGAGACC^ G A- CGUCGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Oan-Mir-1-P2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0006994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAUGCUUCUUUAUAUCCCCAUA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Oan-Mir-1-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006995 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG -60
Get sequence
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