| MirGeneDB ID | Xla-Mir-1-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-1-P1a Xla-Mir-1-P1b Xla-Mir-1-P2c Xla-Mir-1-P2d Xla-Mir-1-P3a Xla-Mir-1-P3b Xla-Mir-1-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P4 Aga-Mir-1 Agr-Mir-1 Ami-Mir-1-P4 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P4 Cmi-Mir-1-P4 Cpi-Mir-1-P4 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dgr-Mir-1 Dlo-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dpu-Mir-1 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Eba-Mir-1 Egr-Mir-1 Esc-Mir-1 Gga-Mir-1-P4 Gpa-Mir-1 Gsa-Mir-1 Gsp-Mir-1 Hme-Mir-1 Hmi-Mir-1 Hru-Mir-1 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P4 Lgi-Mir-1 Lhy-Mir-1 Llo-Mir-1 Mgi-Mir-1 Mom-Mir-1 Mun-Mir-1-P4 Oan-Mir-1-P4 Obi-Mir-1 Ofu-Mir-1 Ovu-Mir-1 Pau-Mir-1 Pbv-Mir-1-P4 Pca-Mir-1 Pcr-Mir-1 Pdu-Mir-1 Pfl-Mir-1 Ple-Mir-1 Pma-Mir-1-o4 Pmi-Mir-1 Rph-Mir-1 Sko-Mir-1 Sma-Mir-1 Sne-Mir-1 Snu-Mir-1 Spt-Mir-1-P4 Spu-Mir-1 Sro-Mir-1 Sto-Mir-1-P4 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P4 Tur-Mir-1 War-Mir-1 Xbo-Mir-1 Xtr-Mir-1-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030726.1: 79594590-79594650 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P4a) |
Mir-133-P4a
NC_030726.1: 79594175-79594232 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-1-P4a NC_030726.1: 79594590-79594650 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCAAUGCCUUUGAUAUCGGUCUUUAGGGCACAUACUUCUUUAUAUGCCCAUACUGAAUGCCAAUGCUAUGGAAUGUUAAGAAGUAUGUAACCUAAGGUUGCCUUUUCAGCUGGGACGCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCAAUGCCUUUGAUAUC --| GC U GC CUGAAU GGU CUUUAGG ACAUACUUCUU AUAU CCAUA G CCG GGAAUCC UGUAUGAAGAA UGUA GGUAU C GACGCAGGGUCGACUUUU UU^ AA U A- CGUAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-1-P4a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAUACUUCUUUAUAUGCCCAUA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-1-P4a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0011135 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGGAAUGUUAAGAAGUAUGUAA -61
Get sequence
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