MirGeneDB ID | Pbv-Mir-1-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pbv-mir-1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pbv-Mir-1-P1 Pbv-Mir-1-P2 Pbv-Mir-1-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P4 Aga-Mir-1 Agr-Mir-1 Ami-Mir-1-P4 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P4 Cmi-Mir-1-P4 Cpi-Mir-1-P4 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dgr-Mir-1 Dlo-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dpu-Mir-1 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Eba-Mir-1 Egr-Mir-1 Esc-Mir-1 Gga-Mir-1-P4 Gja-Mir-1-P4c Gja-Mir-1-P4d Gpa-Mir-1 Gsa-Mir-1 Gsp-Mir-1 Hme-Mir-1 Hmi-Mir-1 Hru-Mir-1 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P4 Lgi-Mir-1 Lhy-Mir-1 Llo-Mir-1 Mgi-Mir-1 Mom-Mir-1 Mun-Mir-1-P4 Oan-Mir-1-P4 Obi-Mir-1 Ofu-Mir-1 Ovu-Mir-1 Pau-Mir-1 Pca-Mir-1 Pcr-Mir-1 Pdu-Mir-1 Pfl-Mir-1 Ple-Mir-1 Pma-Mir-1-o4 Pmi-Mir-1 Rph-Mir-1 Sko-Mir-1 Sma-Mir-1 Sne-Mir-1 Snu-Mir-1 Spt-Mir-1-P4 Spu-Mir-1 Sro-Mir-1 Sto-Mir-1-P4 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P4 Tur-Mir-1 War-Mir-1 Xbo-Mir-1 Xla-Mir-1-P4a Xla-Mir-1-P4b Xtr-Mir-1-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE958846.1: 2692-2754 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P4) |
Mir-1-P4
KE958846.1: 2692-2754 [+]
Mir-133-P4-v1 KE958846.1: 2864-2920 [+] Mir-133-P4-v2 KE958846.1: 2864-2920 [+] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGCUACUUCCCGUCUCUCCCUCCCGAGCCUACAUACUUCUUCAUAUGCCCAUAUGGAGUCGGCCGGCUAUGGAAUGUUAAGAAGUAUGUAUCUUUGGGAUCGACUGUGAGCCUGGAGCGUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGGCUACUUCCCGUCUC--| CC CC C GC UGGAGU UC UCCCGAG UACAUACUUCUU AUAU CCAUA C AG AGGGUUU AUGUAUGAAGAA UGUA GGUAU G UCUGCGAGGUCCGAGUGUC^ CU CU U A- CGGCCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pbv-Mir-1-P4_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0038815 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACAUACUUCUUCAUAUGCCCAUA -24
Get sequence
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Mature sequence | Pbv-Mir-1-P4_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038816 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UGGAAUGUUAAGAAGUAUGUAUC -63
Get sequence
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