MirGeneDB ID | Bta-Mir-370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-370 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCUGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-370 Cja-Mir-370 Cpo-Mir-370 Eca-Mir-370 Hsa-Mir-370 Mml-Mir-370 Mmr-Mir-370 Mmu-Mir-370 Ocu-Mir-370 Pab-Mir-370 Rno-Mir-370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Boreoeutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037348.1: 65808196-65808252 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-370) |
Mir-493
NC_037348.1: 65766695-65766757 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-431 NC_037348.1: 65778736-65778799 [+] UCSC Ensembl Mir-433 NC_037348.1: 65779607-65779680 [+] UCSC Ensembl Mir-127 NC_037348.1: 65780711-65780766 [+] UCSC Ensembl Mir-432 NC_037348.1: 65782197-65782265 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 NC_037348.1: 65782384-65782439 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 NC_037348.1: 65782384-65782439 [+] UCSC Ensembl Mir-370 NC_037348.1: 65808196-65808252 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCACGAGUCUGGGGCACAAGGCAGAGAAGCCAGGUCACGUCUCUGCAGUUACACCGCUCACGAGUGCCUGCUGGGGUGGAACCUGGUCUGUCUGUCUGUCUAGCACCACAGCAGCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCACGAGUCUGGGGCACA--| GA - CA GU U U ACCGC AGGCAGA AG CCAGGU C CUC GCAG UAC \ UCUGUCU UC GGUCCA G GGG CGUC GUG U GUCGACGACACCACGAUCUG^ G- U AG UG U C AGCAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bta-Mir-370_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGGUCACGUCUCUGCAGUUAC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bta-Mir-370_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009300 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- GCCUGCUGGGGUGGAACCUGGU -57
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-370 |