MirGeneDB ID | Bta-Mir-127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-127 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGGAUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-127 Cja-Mir-127 Cpo-Mir-127 Dno-Mir-127 Eca-Mir-127 Ete-Mir-127 Hsa-Mir-127 Laf-Mir-127 Mml-Mir-127 Mmr-Mir-127 Mmu-Mir-127 Ocu-Mir-127 Pab-Mir-127 Rno-Mir-127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037348.1: 65780711-65780766 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-127) |
Mir-493
NC_037348.1: 65766695-65766757 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-431 NC_037348.1: 65778736-65778799 [+] UCSC Ensembl Mir-433 NC_037348.1: 65779607-65779680 [+] UCSC Ensembl Mir-127 NC_037348.1: 65780711-65780766 [+] UCSC Ensembl Mir-432 NC_037348.1: 65782197-65782265 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 NC_037348.1: 65782384-65782439 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 NC_037348.1: 65782384-65782439 [+] UCSC Ensembl Mir-370 NC_037348.1: 65808196-65808252 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCCUCGCUUUGAUCACUGUCUCCAGCCUGCUGAAGCUCAGAGGGCUCUGAUUCAGAAAGAUCAUCGGAUCCGUCUGAGCUUGGCUGGUCGGAAGUCUCCUCAUCUGCUUCCUUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUCCUCGCUUUGAUCACUGUC--| A U G G C UCAGA UCC GCC GCU AAGCUCAGA GG UCUGAU \ AGG UGG CGG UUCGAGUCU CC AGGCUA A GCUUCCUUCGUCUACUCCUCUGA^ C U - G U CUAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bta-Mir-127_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGAAGCUCAGAGGGCUCUGAUU -23
Get sequence
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Mature sequence | Bta-Mir-127_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003787 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UCGGAUCCGUCUGAGCUUGGCU -56
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-127 |