MirGeneDB ID | Bta-Mir-136-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-136 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCAUCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-136-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-136-v1 Cja-Mir-136 Cpo-Mir-136-v1 Dno-Mir-136-v1 Eca-Mir-136-v1 Ete-Mir-136-v1 Hsa-Mir-136-v1 Laf-Mir-136 Mml-Mir-136-v1 Mmr-Mir-136-v1 Mmu-Mir-136-v1 Ocu-Mir-136-v1 Pab-Mir-136 Rno-Mir-136-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037348.1: 65782384-65782439 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-136-v1) |
Mir-493
NC_037348.1: 65766695-65766757 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-431 NC_037348.1: 65778736-65778799 [+] UCSC Ensembl Mir-433 NC_037348.1: 65779607-65779680 [+] UCSC Ensembl Mir-127 NC_037348.1: 65780711-65780766 [+] UCSC Ensembl Mir-432 NC_037348.1: 65782197-65782265 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 NC_037348.1: 65782384-65782439 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 NC_037348.1: 65782384-65782439 [+] UCSC Ensembl Mir-370 NC_037348.1: 65808196-65808252 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCACGGUGGUGUUGGAUGAGCCCUCGGAGGACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGGAUUCUUACGCUCCAUCAUCGUCUCAAAUGAGUCUUCAGAGGGUUCCAUCAUUUCGUCGGAUGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCACGGUGGUGUUGGAU--| G C UUU UUCU GAGCCCUC GAGGACUC AUUUG UGAUGAUGGA \ CUUGGGAG CUUCUGAG UAAAC GCUACUACCU U AGGUAGGCUGCUUUACUAC^ A - UCU CGCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bta-Mir-136-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0009230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUCCAUUUGUUUUGAUGAUGGA -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-136 |
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Mature sequence | Bta-Mir-136-v1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- CAUCAUCGUCUCAAAUGAGUCU -56
Get sequence
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