| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-345 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUGACUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-345 Cja-Mir-345 Cpo-Mir-345 Dno-Mir-345 Eca-Mir-345 Ete-Mir-345 Hsa-Mir-345 Laf-Mir-345-P1 Laf-Mir-345-P2 Laf-Mir-345-P3 Mml-Mir-345 Mmr-Mir-345 Mmu-Mir-345-v1 Mmu-Mir-345-v2 Pab-Mir-345 Rno-Mir-345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr8: 68592448-68592505 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCAUUAAGCAGAGACCCAAACCCAGGUCUGCUGACUCUUAGUCCAGUGCUCGUGAUGGCUGGUGGGCCCUGAACUAGGGGUCUGGAGGCCUGGGUUUGAAUAUCGUCAGCCUCUGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUCAUUAAGCAGAGACC--| G - C U GUGAU CAAACCCAGGUCU CU GACUCUUAGU CAG GCUC G GUUUGGGUCCGGA GG CUGGGGAUCA GUC CGGG G CAGUCUCCGACUGCUAUAA^ - U A C UGGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-345_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUGACUCUUAGUCCAGUGCUC -22
Get sequence
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| Star sequence | Cfa-Mir-345_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0006710 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GCCCUGAACUAGGGGUCUGGAG -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-345 miRDB: MIMAT0006710 |
