MirGeneDB ID | Cfa-Mir-455-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-455-v1 Cfa-Mir-455-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-455-v2 Ami-Mir-455-v2 Bta-Mir-455-v2 Cja-Mir-455-v2 Cli-Mir-455-v2 Cmi-Mir-455-v2 Cpi-Mir-455-v2 Cpo-Mir-455-v2 Dno-Mir-455-v2 Ebu-Mir-455-v2 Eca-Mir-455-v2 Ete-Mir-455-v2 Gga-Mir-455-v2 Gja-Mir-455 Hsa-Mir-455-v2 Laf-Mir-455-v2 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v2 Mdo-Mir-455-v2 Mml-Mir-455-v2 Mmr-Mir-455-v2 Mmu-Mir-455-v2 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v2 Ocu-Mir-455-v2 Pab-Mir-455-v2 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Rno-Mir-455-v2 Sha-Mir-455-v2 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v2 Tgu-Mir-455-v2 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr11: 68461910-68461969 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v2) |
Mir-455-v2
chr11: 68461910-68461969 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-455-v3 chr11: 68461910-68461969 [+] UCSC Ensembl Mir-455-v1 chr11: 68461911-68461968 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAGCGCCCGCGCCCUUCCCUGGCGUGAGGGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCCUGUGUCGUCGAGGAGUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGAGCGCCCGCGCCCUU--| C C UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CUGAGGAGCUGCUGUGUCC^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-455-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0006603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUGUGCCUUUGGACUACAU -21
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-455 miRDB: MIMAT0006603 |
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Mature sequence | Cfa-Mir-455-v2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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