MirGeneDB ID | Cja-Mir-455-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cja-Mir-455-v1 Cja-Mir-455-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-455-v2 Ami-Mir-455-v2 Bta-Mir-455-v2 Cfa-Mir-455-v2 Cli-Mir-455-v2 Cmi-Mir-455-v2 Cpi-Mir-455-v2 Cpo-Mir-455-v2 Dno-Mir-455-v2 Ebu-Mir-455-v2 Eca-Mir-455-v2 Ete-Mir-455-v2 Gga-Mir-455-v2 Gja-Mir-455 Hsa-Mir-455-v2 Laf-Mir-455-v2 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v2 Mdo-Mir-455-v2 Mml-Mir-455-v2 Mmr-Mir-455-v2 Mmu-Mir-455-v2 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v2 Ocu-Mir-455-v2 Pab-Mir-455-v2 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Rno-Mir-455-v2 Sha-Mir-455-v2 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v2 Tgu-Mir-455-v2 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021915.1: 159540389-159540448 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGAGCACCCGCGCCCUUCCCUGGCGUGAGGGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCCUAUGUCAUCGAGGAGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGAGCACCCGCGCCCUU--| C C UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CCGAGGAGCUACUGUAUCC^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-455-v2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUGUGCCUUUGGACUACAU -21
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-455-v2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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