MirGeneDB ID | Cli-Mir-455-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Mir-455-v1 Cli-Mir-455-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-455-v2 Ami-Mir-455-v2 Bta-Mir-455-v2 Cfa-Mir-455-v2 Cja-Mir-455-v2 Cmi-Mir-455-v2 Cpi-Mir-455-v2 Cpo-Mir-455-v2 Dno-Mir-455-v2 Ebu-Mir-455-v2 Eca-Mir-455-v2 Ete-Mir-455-v2 Gga-Mir-455-v2 Gja-Mir-455 Hsa-Mir-455-v2 Laf-Mir-455-v2 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v2 Mdo-Mir-455-v2 Mml-Mir-455-v2 Mmr-Mir-455-v2 Mmu-Mir-455-v2 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v2 Ocu-Mir-455-v2 Pab-Mir-455-v2 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Rno-Mir-455-v2 Sha-Mir-455-v2 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v2 Tgu-Mir-455-v2 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold955: 271162-271221 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v2) |
Mir-455-v2
scaffold955: 271162-271221 [-]
Mir-455-v3 scaffold955: 271162-271221 [-] Mir-455-v1 scaffold955: 271163-271220 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCGGAGUCCUCAUGAUCCCUGGUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGUUUAUUUCUUCACGGCUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCCGGAGUCCUCAUGAU--| C U UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CGUCGGCACUUCUUUAUUU^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cli-Mir-455-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0038646 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAU -21
Get sequence
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Mature sequence | Cli-Mir-455-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038647 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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