MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Xtr-Mir-455

Family name MIR-455 (all species)
Seed AUGUGCC
Species Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis)
MiRBase ID xtr-mir-455
Paralogues
Orthologues Aca-Mir-455-v1  Aca-Mir-455-v2  Aca-Mir-455-v3  Ami-Mir-455-v1  Ami-Mir-455-v2  Ami-Mir-455-v3  Bta-Mir-455-v1  Bta-Mir-455-v2  Bta-Mir-455-v3  Cfa-Mir-455-v1  Cfa-Mir-455-v2  Cfa-Mir-455-v3  Cja-Mir-455-v1  Cja-Mir-455-v2  Cja-Mir-455-v3  Cli-Mir-455-v1  Cli-Mir-455-v2  Cli-Mir-455-v3  Cmi-Mir-455-v1  Cmi-Mir-455-v2  Cmi-Mir-455-v3  Cpi-Mir-455-v1  Cpi-Mir-455-v2  Cpi-Mir-455-v3  Cpo-Mir-455-v1  Cpo-Mir-455-v2  Cpo-Mir-455-v3  Dno-Mir-455-v1  Dno-Mir-455-v2  Dno-Mir-455-v3  Dre-Mir-455-P1-v1  Dre-Mir-455-P1-v2  Dre-Mir-455-P1-v3  Dre-Mir-455-P2-v1  Dre-Mir-455-P2-v2  Dre-Mir-455-P2-v3  Ebu-Mir-455-v1  Ebu-Mir-455-v2  Ebu-Mir-455-v3  Eca-Mir-455-v1  Eca-Mir-455-v2  Eca-Mir-455-v3  Ete-Mir-455-v1  Ete-Mir-455-v2  Ete-Mir-455-v3  Gga-Mir-455-v1  Gga-Mir-455-v2  Gga-Mir-455-v3  Gja-Mir-455  Gmo-Mir-455-P1-v1  Gmo-Mir-455-P1-v2  Gmo-Mir-455-P1-v3  Gmo-Mir-455-P2-v1  Gmo-Mir-455-P2-v2  Gmo-Mir-455-P2-v3  Hsa-Mir-455-v1  Hsa-Mir-455-v2  Hsa-Mir-455-v3  Laf-Mir-455-v1  Laf-Mir-455-v2  Laf-Mir-455-v3  Lch-Mir-455  Loc-Mir-455-v1  Loc-Mir-455-v2  Loc-Mir-455-v3  Mal-Mir-455-P1-v1  Mal-Mir-455-P1-v2  Mal-Mir-455-P1-v3  Mal-Mir-455-P2-v1  Mal-Mir-455-P2-v2  Mal-Mir-455-P2-v3  Mdo-Mir-455-v1  Mdo-Mir-455-v2  Mdo-Mir-455-v3  Mml-Mir-455-v1  Mml-Mir-455-v2  Mml-Mir-455-v3  Mmr-Mir-455-v1  Mmr-Mir-455-v2  Mmr-Mir-455-v3  Mmu-Mir-455-v1  Mmu-Mir-455-v2  Mmu-Mir-455-v3  Mun-Mir-455  Oan-Mir-455-v1  Oan-Mir-455-v2  Oan-Mir-455-v3  Ocu-Mir-455-v1  Ocu-Mir-455-v2  Ocu-Mir-455-v3  Pab-Mir-455-v1  Pab-Mir-455-v2  Pab-Mir-455-v3  Pbv-Mir-455  Pma-Mir-455  Rno-Mir-455-v1  Rno-Mir-455-v2  Rno-Mir-455-v3  Sha-Mir-455-v1  Sha-Mir-455-v2  Sha-Mir-455-v3  Spt-Mir-455  Sto-Mir-455-v1  Sto-Mir-455-v2  Sto-Mir-455-v3  Tgu-Mir-455-v1  Tgu-Mir-455-v2  Tgu-Mir-455-v3  Tni-Mir-455-P1-v1  Tni-Mir-455-P1-v2  Tni-Mir-455-P1-v3  Tni-Mir-455-P2-v1  Tni-Mir-455-P2-v2  Tni-Mir-455-P2-v3  Xla-Mir-455-P3  Xla-Mir-455-P4 
Node of Origin (locus) Vertebrata
Node of Origin (family) Vertebrata
Genome context
(xenTro9_add)		 chr8: 2703743-2703800 [+] UCSC Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
CAUAGAAUGCCAUGCUCCCUGGCGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGUUUAUUUCAUCACGGAGA
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50        
CAUAGAAUGCCAUGCUC-  -|  C UG  G          U      A   C UGGAA 
                  CC UGG G  AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G     G
                  GG ACU C  UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C     C
AGAGGCACUACUUUAUUU  A^  C GU  A          U      C   C ACGAC 
      110       100        90        80        70        60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsNo
Tissue expression
-   +
An Br Em Em He Ve
Mature sequence

Xtr-Mir-455_5p
mirBase accessionMIMAT0003641
Sequence 
0- UAUGUGCCCUUGGACUACAUCG -22
Get sequence
Proposed targets TargetScanVert: xtr-miR-455
Star sequence

Xtr-Mir-455_3p*
mirBase accessionNone
Sequence 
36- AUGCAGUCCAUGGGCAUAUACA -58
Get sequence