MirGeneDB ID | Aca-Mir-455-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-455-v1 Aca-Mir-455-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-455-v3 Bta-Mir-455-v3 Cfa-Mir-455-v3 Cja-Mir-455-v3 Cli-Mir-455-v3 Cmi-Mir-455-v3 Cpi-Mir-455-v3 Cpo-Mir-455-v3 Dno-Mir-455-v3 Ebu-Mir-455-v3 Eca-Mir-455-v3 Ete-Mir-455-v3 Gga-Mir-455-v3 Gja-Mir-455 Hsa-Mir-455-v3 Laf-Mir-455-v3 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v3 Mdo-Mir-455-v3 Mml-Mir-455-v3 Mmr-Mir-455-v3 Mmu-Mir-455-v3 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v3 Ocu-Mir-455-v3 Pab-Mir-455-v3 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Rno-Mir-455-v3 Sha-Mir-455-v3 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v3 Tgu-Mir-455-v3 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
GL343398.1: 893167-893226 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v3) |
Mir-455-v2
GL343398.1: 893167-893226 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-455-v3 GL343398.1: 893167-893226 [-] UCSC Ensembl Mir-455-v1 GL343398.1: 893168-893225 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAGUCCUCCUCACGAUCCCUGGCGUGGGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGGAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGUUUAUUUCGUCACGGCUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGAGUCCUCCUCACGAU--| C C UG G U A CGUGGGA CC UGG G GG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CGUCGGCACUGCUUUAUUU^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aca-Mir-455-v3_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0021964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAUC -22
Get sequence
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Mature sequence | Aca-Mir-455-v3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0021965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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