MirGeneDB ID | Gga-Mir-455-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-455-v1 Gga-Mir-455-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-455-v3 Ami-Mir-455-v3 Bta-Mir-455-v3 Cfa-Mir-455-v3 Cja-Mir-455-v3 Cli-Mir-455-v3 Cmi-Mir-455-v3 Cpi-Mir-455-v3 Cpo-Mir-455-v3 Dno-Mir-455-v3 Ebu-Mir-455-v3 Eca-Mir-455-v3 Ete-Mir-455-v3 Gja-Mir-455 Hsa-Mir-455-v3 Laf-Mir-455-v3 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v3 Mdo-Mir-455-v3 Mml-Mir-455-v3 Mmr-Mir-455-v3 Mmu-Mir-455-v3 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v3 Ocu-Mir-455-v3 Pab-Mir-455-v3 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Rno-Mir-455-v3 Sha-Mir-455-v3 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v3 Tgu-Mir-455-v3 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
17: 5073862-5073921 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v3) |
Mir-455-v2
17: 5073862-5073921 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-455-v3 17: 5073862-5073921 [+] UCSC Ensembl Mir-455-v1 17: 5073863-5073920 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCGGAAUUCUCCUGAUCCCUGGUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGUUUAUUUCAUCAUGGCUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCCGGAAUUCUCCUGAU--| C U UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CGUCGGUACUACUUUAUUU^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gga-Mir-455-v3_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0003364 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAUC -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-455-5p miRDB: MIMAT0003364 |
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Mature sequence | Gga-Mir-455-v3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0006788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-455-3p miRDB: MIMAT0006788 |