MirGeneDB ID | Rno-Mir-455-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-455-v1 Rno-Mir-455-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-455-v3 Ami-Mir-455-v3 Bta-Mir-455-v3 Cfa-Mir-455-v3 Cja-Mir-455-v3 Cli-Mir-455-v3 Cmi-Mir-455-v3 Cpi-Mir-455-v3 Cpo-Mir-455-v3 Dno-Mir-455-v3 Ebu-Mir-455-v3 Eca-Mir-455-v3 Ete-Mir-455-v3 Gga-Mir-455-v3 Gja-Mir-455 Hsa-Mir-455-v3 Laf-Mir-455-v3 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v3 Mdo-Mir-455-v3 Mml-Mir-455-v3 Mmr-Mir-455-v3 Mmu-Mir-455-v3 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v3 Ocu-Mir-455-v3 Pab-Mir-455-v3 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Sha-Mir-455-v3 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v3 Tgu-Mir-455-v3 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr5: 79097217-79097275 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v3) |
Mir-455-v2
chr5: 79097217-79097275 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-455-v3 chr5: 79097217-79097275 [+] UCSC Ensembl Mir-455-v1 chr5: 79097218-79097274 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGUCCUGUGCUGCCCUCCCUGGUGUGAGCGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGGACGCAGCACCAUGCAGUCCACGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGUCUAUGUCAUCGAGGACCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUGUCCUGUGCUGCCCU--| C U UG C U A CGUGGAC CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU \ GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA G CCCAGGAGCUACUGUAUCU^ A C GU A C C CCACGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rno-Mir-455-v3_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0005316 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUGUGCCUUUGGACUACAUC -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005316 TargetScanVert: rno-miR-455-5p miRDB: MIMAT0005316 |
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Mature sequence | Rno-Mir-455-v3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0017308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UGCAGUCCACGGGCAUAUACAC -59
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-455-3p miRDB: MIMAT0017308 |