MirGeneDB ID | Hsa-Mir-455-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hsa-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hsa-Mir-455-v1 Hsa-Mir-455-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-455-v3 Ami-Mir-455-v3 Bta-Mir-455-v3 Cfa-Mir-455-v3 Cja-Mir-455-v3 Cli-Mir-455-v3 Cmi-Mir-455-v3 Cpi-Mir-455-v3 Cpo-Mir-455-v3 Dno-Mir-455-v3 Ebu-Mir-455-v3 Eca-Mir-455-v3 Ete-Mir-455-v3 Gga-Mir-455-v3 Gja-Mir-455 Laf-Mir-455-v3 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v3 Mdo-Mir-455-v3 Mml-Mir-455-v3 Mmr-Mir-455-v3 Mmu-Mir-455-v3 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v3 Ocu-Mir-455-v3 Pab-Mir-455-v3 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Rno-Mir-455-v3 Sha-Mir-455-v3 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v3 Tgu-Mir-455-v3 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (hg38) |
chr9: 114209448-114209507 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v3) |
Mir-455-v2
chr9: 114209448-114209507 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-455-v3 chr9: 114209448-114209507 [+] UCSC Ensembl Mir-455-v1 chr9: 114209449-114209506 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGAGCGCCUGCGCCCUUCCCUGGCGUGAGGGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCCUAUGUCAUCGAGGAGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGAGCGCCUGCGCCCUU--| C C UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CCGAGGAGCUACUGUAUCC^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Although the terminal U is templated, the 3'-DcRNA reads suggest that this is Group 2 miRNA. All other vertebrates are treated accordingly. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Hsa-Mir-455-v3_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0003150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUGUGCCUUUGGACUACAUC -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003150 TargetScanVert: hsa-miR-455-5p TargetMiner: hsa-miR-455-5p miRDB: MIMAT0003150 |
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Mature sequence | Hsa-Mir-455-v3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0004784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004784 TargetScanVert: hsa-miR-455-3p.1 TargetMiner: hsa-miR-455-3p miRDB: MIMAT0004784 |