MirGeneDB ID | Cpo-Mir-455-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-455-v1 Cpo-Mir-455-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-455-v3 Ami-Mir-455-v3 Bta-Mir-455-v3 Cfa-Mir-455-v3 Cja-Mir-455-v3 Cli-Mir-455-v3 Cmi-Mir-455-v3 Cpi-Mir-455-v3 Dno-Mir-455-v3 Ebu-Mir-455-v3 Eca-Mir-455-v3 Ete-Mir-455-v3 Gga-Mir-455-v3 Gja-Mir-455 Hsa-Mir-455-v3 Laf-Mir-455-v3 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v3 Mdo-Mir-455-v3 Mml-Mir-455-v3 Mmr-Mir-455-v3 Mmu-Mir-455-v3 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v3 Ocu-Mir-455-v3 Pab-Mir-455-v3 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Rno-Mir-455-v3 Sha-Mir-455-v3 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v3 Tgu-Mir-455-v3 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_2: 77905901-77905960 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v3) |
Mir-455-v2
scaffold_2: 77905901-77905960 [-]
UCSC
Mir-455-v3 scaffold_2: 77905901-77905960 [-] UCSC Mir-455-v1 scaffold_2: 77905902-77905959 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGAGCGCCCGCGCCCUUCCCUGGCGUGAGGGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCCUAUGUCGUCCAUCCGUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGAGCGCCCGCGCCCUU--| C C UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CUGCCUACCUGCUGUAUCC^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-455-v3_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0047271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUGUGCCUUUGGACUACAUC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-455-v3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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