MirGeneDB ID | Cpo-Mir-455-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-455-v2 Cpo-Mir-455-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-455-v1 Ami-Mir-455-v1 Bta-Mir-455-v1 Cfa-Mir-455-v1 Cja-Mir-455-v1 Cli-Mir-455-v1 Cmi-Mir-455-v1 Cpi-Mir-455-v1 Dno-Mir-455-v1 Ebu-Mir-455-v1 Eca-Mir-455-v1 Ete-Mir-455-v1 Gga-Mir-455-v1 Gja-Mir-455 Hsa-Mir-455-v1 Laf-Mir-455-v1 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v1 Mdo-Mir-455-v1 Mml-Mir-455-v1 Mmr-Mir-455-v1 Mmu-Mir-455-v1 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v1 Ocu-Mir-455-v1 Pab-Mir-455-v1 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Rno-Mir-455-v1 Sha-Mir-455-v1 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v1 Tgu-Mir-455-v1 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_2: 77905902-77905959 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v1) |
Mir-455-v2
scaffold_2: 77905901-77905960 [-]
UCSC
Mir-455-v3 scaffold_2: 77905901-77905960 [-] UCSC Mir-455-v1 scaffold_2: 77905902-77905959 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGCGCCCGCGCCCUUCCCUGGCGUGAGGGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCCUAUGUCGUCCAUCCGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAGCGCCCGCGCCCUUC- -| C UG G U A C UGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU G G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C C UGCCUACCUGCUGUAUCC A^ C GU A U C C ACGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-455-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUGUGCCUUUGGACUACAUCG -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-455-v1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AUGCAGUCCAUGGGCAUAUACA -58
Get sequence
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