MirGeneDB ID | Rno-Mir-455-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-455-v2 Rno-Mir-455-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-455-v1 Ami-Mir-455-v1 Bta-Mir-455-v1 Cfa-Mir-455-v1 Cja-Mir-455-v1 Cli-Mir-455-v1 Cmi-Mir-455-v1 Cpi-Mir-455-v1 Cpo-Mir-455-v1 Dno-Mir-455-v1 Ebu-Mir-455-v1 Eca-Mir-455-v1 Ete-Mir-455-v1 Gga-Mir-455-v1 Gja-Mir-455 Hsa-Mir-455-v1 Laf-Mir-455-v1 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v1 Mdo-Mir-455-v1 Mml-Mir-455-v1 Mmr-Mir-455-v1 Mmu-Mir-455-v1 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v1 Ocu-Mir-455-v1 Pab-Mir-455-v1 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Sha-Mir-455-v1 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v1 Tgu-Mir-455-v1 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr5: 79097218-79097274 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v1) |
Mir-455-v2
chr5: 79097217-79097275 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-455-v3 chr5: 79097217-79097275 [+] UCSC Ensembl Mir-455-v1 chr5: 79097218-79097274 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUCCUGUGCUGCCCUCCCUGGUGUGAGCGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGGACGCAGCACCAUGCAGUCCACGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGUCUAUGUCAUCGAGGACCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGUCCUGUGCUGCCCUC- -| U UG C U A C UGGAC CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU G \ GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C G CCAGGAGCUACUGUAUCU A^ C GU A C C C ACGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Rno-Mir-455-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0005316 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUGUGCCUUUGGACUACAUCG -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005316 TargetScanVert: rno-miR-455-5p miRDB: MIMAT0005316 |
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Star sequence | Rno-Mir-455-v1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0017308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AUGCAGUCCACGGGCAUAUACA -57
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-455-3p miRDB: MIMAT0017308 |