MirGeneDB ID | Dre-Mir-455-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-455-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-455-P1-v1 Dre-Mir-455-P1-v2 Dre-Mir-455-P1-v3 Dre-Mir-455-P2-v1 Dre-Mir-455-P2-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Gja-Mir-455 Gmo-Mir-455-P2-v1 Gmo-Mir-455-P2-v2 Gmo-Mir-455-P2-v3 Lch-Mir-455 Mal-Mir-455-P2-v1 Mal-Mir-455-P2-v2 Mal-Mir-455-P2-v3 Mun-Mir-455 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Spt-Mir-455 Tni-Mir-455-P2-v1 Tni-Mir-455-P2-v2 Tni-Mir-455-P2-v3 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr16: 51776558-51776617 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-P2-v2) |
Mir-455-P2-v2
chr16: 51776558-51776617 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-455-P2-v3 chr16: 51776558-51776617 [+] UCSC Ensembl Mir-455-P2-v1 chr16: 51776559-51776616 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGUUUCCAUCGUUGUUCCCUGAAGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUUGUGGAGGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUACUUCAUGGCCUACAUCAACACGAAGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUGUUUCCAUCGUUGUU--| C G U A UGUGGAG CC UGAAGUGAG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACUUCAUUC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CAGAAGCACAACUACAUCC^ U A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dre-Mir-455-P2-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0011302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAU -21
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-455b |
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Mature sequence | Dre-Mir-455-P2-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0031993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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