| MirGeneDB ID | Dre-Mir-455-P1-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-455-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-455-P1-v1 Dre-Mir-455-P1-v2 Dre-Mir-455-P2-v1 Dre-Mir-455-P2-v2 Dre-Mir-455-P2-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gja-Mir-455 Gmo-Mir-455-P1-v1 Gmo-Mir-455-P1-v2 Gmo-Mir-455-P1-v3 Lch-Mir-455 Mal-Mir-455-P1-v1 Mal-Mir-455-P1-v2 Mal-Mir-455-P1-v3 Mun-Mir-455 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Spt-Mir-455 Tni-Mir-455-P1-v1 Tni-Mir-455-P1-v2 Tni-Mir-455-P1-v3 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr5: 65250401-65250460 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-P1-v3) |
Mir-455-P1-v2
chr5: 65250401-65250460 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-455-P1-v3 chr5: 65250401-65250460 [-] UCSC Ensembl Mir-455-P1-v1 chr5: 65250402-65250459 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGAAUGCCCGUGUGAUCCCUGGUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCCUAGAUCUUCACCGAGCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCGAAUGCCCGUGUGAU--| C U UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C GCGAGCCACUUCUAGAUCC^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-455-P1-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0001879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAUC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-455 |
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| Mature sequence | Dre-Mir-455-P1-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0031993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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