MirGeneDB ID | Ami-Mir-455-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-455-v1 Ami-Mir-455-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-455-v2 Bta-Mir-455-v2 Cfa-Mir-455-v2 Cja-Mir-455-v2 Cli-Mir-455-v2 Cmi-Mir-455-v2 Cpi-Mir-455-v2 Cpo-Mir-455-v2 Dno-Mir-455-v2 Ebu-Mir-455-v2 Eca-Mir-455-v2 Ete-Mir-455-v2 Gga-Mir-455-v2 Gja-Mir-455 Hsa-Mir-455-v2 Laf-Mir-455-v2 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v2 Mdo-Mir-455-v2 Mml-Mir-455-v2 Mmr-Mir-455-v2 Mmu-Mir-455-v2 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v2 Ocu-Mir-455-v2 Pab-Mir-455-v2 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Rno-Mir-455-v2 Sha-Mir-455-v2 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v2 Tgu-Mir-455-v2 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713629.1: 12996642-12996701 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v2) |
Mir-455-v2
NW_017713629.1: 12996642-12996701 [+]
UCSC
Mir-455-v3 NW_017713629.1: 12996642-12996701 [+] UCSC Mir-455-v1 NW_017713629.1: 12996643-12996700 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCGGAGUUCUCAUGAUCCCUGGUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGUUUAUUUCAUCACGACUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGCGGAGUUCUCAUGAU--| C U UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CGUCAGCACUACUUUAUUU^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ami-Mir-455-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0038287 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAU -21
Get sequence
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Mature sequence | Ami-Mir-455-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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