MirGeneDB ID | Ocu-Mir-455-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-455-v1 Ocu-Mir-455-v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-455-v2 Ami-Mir-455-v2 Bta-Mir-455-v2 Cfa-Mir-455-v2 Cja-Mir-455-v2 Cli-Mir-455-v2 Cmi-Mir-455-v2 Cpi-Mir-455-v2 Cpo-Mir-455-v2 Dno-Mir-455-v2 Ebu-Mir-455-v2 Eca-Mir-455-v2 Ete-Mir-455-v2 Gga-Mir-455-v2 Gja-Mir-455 Hsa-Mir-455-v2 Laf-Mir-455-v2 Lch-Mir-455 Loc-Mir-455-v2 Mdo-Mir-455-v2 Mml-Mir-455-v2 Mmr-Mir-455-v2 Mmu-Mir-455-v2 Mun-Mir-455 Oan-Mir-455-v2 Pab-Mir-455-v2 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Rno-Mir-455-v2 Sha-Mir-455-v2 Spt-Mir-455 Sto-Mir-455-v2 Tgu-Mir-455-v2 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0001: 13398640-13398699 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v2) |
Mir-455-v2
chrUn0001: 13398640-13398699 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-455-v3 chrUn0001: 13398640-13398699 [-] UCSC Ensembl Mir-455-v1 chrUn0001: 13398641-13398698 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGGCGCCCGUGCCCUUCCCUGGCGUGAGGGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCCUAUGUCAUCGAGGAGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGGCGCCCGUGCCCUU--| C C UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CCGAGGAGCUACUGUAUCC^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ocu-Mir-455-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0048465 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUGUGCCUUUGGACUACAU -21
Get sequence
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Mature sequence | Ocu-Mir-455-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0048466 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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