| MirGeneDB ID | Cja-Mir-1247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1247 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1247-v1 Bta-Mir-1247-v2 Cfa-Mir-1247 Cpo-Mir-1247 Dno-Mir-1247 Eca-Mir-1247-v1 Eca-Mir-1247-v2 Ete-Mir-1247 Hsa-Mir-1247 Laf-Mir-1247 Mml-Mir-1247 Mmr-Mir-1247 Mmu-Mir-1247 Ocu-Mir-1247 Pab-Mir-1247 Rno-Mir-1247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021924.1: 132392983-132393040 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCGCCCAGCACAGCCCCGGCCGCCGGGCGCACCCGUCCCGUUCGUCCCCGGACGUUGUUCUGUACCCCGGGAACGUCGAGACUGGAGCGCCCGAACUGAGCCACCUUCGUGGACCCCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCGCCCAGCACAGCCCCGGCCGC--| A C C UU C ACGUUGU CGGGCGC CC GUC CG CGU CCCGG \ GCCCGCG GG CAG GC GCA GGGCC U GCCCCAGGUGCUUCCACCGAGUCAA^ A U A U- A CCAUGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cja-Mir-1247_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCGUCCCGUUCGUCCCCGGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cja-Mir-1247_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CGGGAACGUCGAGACUGGAGC -58
Get sequence
|
