MirGeneDB ID | Cja-Mir-203-v1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-203 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAAAUG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cja-Mir-203-v2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-203-v1 Ami-Mir-203-v1 Bta-Mir-203-v1 Cfa-Mir-203-v1 Cpi-Mir-203-v1 Cpo-Mir-203-v1 Dno-Mir-203-v1 Eca-Mir-203-v1 Ete-Mir-203-v1 Gga-Mir-203-v1 Gja-Mir-203-v1 Hsa-Mir-203-v1 Lch-Mir-203 Loc-Mir-203-v1 Mdo-Mir-203-v1 Mml-Mir-203-v1 Mmr-Mir-203-v1 Mmu-Mir-203-v1 Mun-Mir-203-v1 Neu-Mir-203-v1 Oan-Mir-203-v1 Ocu-Mir-203-v1 Pab-Mir-203-v1 Pbv-Mir-203-v1 Rno-Mir-203-v1 Sha-Mir-203-v1 Spt-Mir-203 Sto-Mir-203-v1 Tgu-Mir-203-v1 Xtr-Mir-203-v1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021924.1: 134858047-134858106 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACGGUGUCGCGGACUCGCGCGCUGGGUCCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUGUGGCGCAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUAGACCCGGCGGGCCCGGCGACGGCGACAGCGAGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GACGGUGUCGCGGACUC--| G C U G A UUCUGU GC CGCUGGGUC AGUGGUUCU AACA UUCA CAG \ CG GCGGCCCAG UCACCAGGA UUGU AAGU GUU G AGCGACAGCGGCAGCGGCC^ G A U A - AACGCG . 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-203-v1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-203-v1_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUAG -60
Get sequence
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