MirGeneDB ID | Ami-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-203-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-203-v1 Bta-Mir-203-v1 Cfa-Mir-203-v1 Cja-Mir-203-v1 Cpi-Mir-203-v1 Cpo-Mir-203-v1 Dno-Mir-203-v1 Eca-Mir-203-v1 Ete-Mir-203-v1 Gga-Mir-203-v1 Gja-Mir-203-v1 Hsa-Mir-203-v1 Lch-Mir-203 Loc-Mir-203-v1 Mdo-Mir-203-v1 Mml-Mir-203-v1 Mmr-Mir-203-v1 Mmu-Mir-203-v1 Mun-Mir-203-v1 Neu-Mir-203-v1 Oan-Mir-203-v1 Ocu-Mir-203-v1 Pab-Mir-203-v1 Pbv-Mir-203-v1 Rno-Mir-203-v1 Sha-Mir-203-v1 Spt-Mir-203 Sto-Mir-203-v1 Tgu-Mir-203-v1 Xtr-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017714221.1: 9204428-9204487 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v1) |
Mir-203-v2
NW_017714221.1: 9204427-9204487 [-]
UCSC
Mir-203-v1 NW_017714221.1: 9204428-9204487 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGAGCGGGCGCUCUCCGCCUCGCGGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUUUAGGCUAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCCGCGAGGCGCCGCCGGCGGAUGCCCCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGGAGCGGGCGCUCUCC--| GC U G A UUCUUU GCCUCGCGGGU AGUGGUUCU AACA UUCA CAG \ CGGAGCGCCCA UCACCAGGA UUGU AAGU GUU A GCCCCGUAGGCGGCCGCCG^ GU U A - AAUCGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ami-Mir-203-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0038223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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Mature sequence | Ami-Mir-203-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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