MirGeneDB ID | Ami-Mir-203-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-203-v2 Bta-Mir-203-v2 Cfa-Mir-203-v2 Cja-Mir-203-v2 Cpi-Mir-203-v2 Cpo-Mir-203-v2 Dno-Mir-203-v2 Eca-Mir-203-v2 Ete-Mir-203-v2 Gga-Mir-203-v2 Gja-Mir-203-v2 Hsa-Mir-203-v2 Lch-Mir-203 Loc-Mir-203-v2 Mdo-Mir-203-v2 Mml-Mir-203-v2 Mmr-Mir-203-v2 Mmu-Mir-203-v2 Mun-Mir-203-v2 Neu-Mir-203-v2 Oan-Mir-203-v2 Ocu-Mir-203-v2 Pab-Mir-203-v2 Pbv-Mir-203-v2 Rno-Mir-203-v2 Sha-Mir-203-v2 Spt-Mir-203 Sto-Mir-203-v2 Tgu-Mir-203-v2 Xtr-Mir-203-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017714221.1: 9204427-9204487 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v2) |
Mir-203-v2
NW_017714221.1: 9204427-9204487 [-]
UCSC
Mir-203-v1 NW_017714221.1: 9204428-9204487 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGAGCGGGCGCUCUCCGCCUCGCGGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUUUAGGCUAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCCGCGAGGCGCCGCCGGCGGAUGCCCCGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGGAGCGGGCGCUCUCC---| GC U G A GUUCUUU GCCUCGCGGGU AGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CGGAGCGCCCA UCACCAGGA UUGU AAGU GU A GGCCCCGUAGGCGGCCGCCG^ GU U A - UAAUCGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Unlike most other vertebrates this appears to be a separate DICER cut in addition to a 3' monouridylation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ami-Mir-203-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0038223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Ami-Mir-203-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0038224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUUGA -61
Get sequence
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