MirGeneDB ID | Gga-Mir-203-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-203a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-203-v2 Ami-Mir-203-v2 Bta-Mir-203-v2 Cfa-Mir-203-v2 Cja-Mir-203-v2 Cpi-Mir-203-v2 Cpo-Mir-203-v2 Dno-Mir-203-v2 Eca-Mir-203-v2 Ete-Mir-203-v2 Gja-Mir-203-v2 Hsa-Mir-203-v2 Lch-Mir-203 Loc-Mir-203-v2 Mdo-Mir-203-v2 Mml-Mir-203-v2 Mmr-Mir-203-v2 Mmu-Mir-203-v2 Mun-Mir-203-v2 Neu-Mir-203-v2 Oan-Mir-203-v2 Ocu-Mir-203-v2 Pab-Mir-203-v2 Pbv-Mir-203-v2 Rno-Mir-203-v2 Sha-Mir-203-v2 Spt-Mir-203 Sto-Mir-203-v2 Tgu-Mir-203-v2 Xtr-Mir-203-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
5: 50883065-50883124 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v2) |
Mir-203-v1
5: 50883065-50883124 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-203-v2 5: 50883065-50883124 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCCCCGCGCCUCCUCAGCCUCCUUGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUCUAUCAUAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCAGCGAGGCCCGGGCAUCGGGCGGCCGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGCCCCGCGCCUCCUCA--| C GC U G A GUUCUCU GCCUC UUGGU AGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CGGAG GACCA UCACCAGGA UUGU AAGU GU A AGCCGGCGGGCUACGGGCC^ C GU U A - UAAUACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gga-Mir-203-v2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Gga-Mir-203-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0001146 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-203a miRDB: MIMAT0001146 |