MirGeneDB ID | Mdo-Mir-203-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mdo-mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mdo-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-203-v2 Ami-Mir-203-v2 Bta-Mir-203-v2 Cfa-Mir-203-v2 Cja-Mir-203-v2 Cpi-Mir-203-v2 Cpo-Mir-203-v2 Dno-Mir-203-v2 Eca-Mir-203-v2 Ete-Mir-203-v2 Gga-Mir-203-v2 Gja-Mir-203-v2 Hsa-Mir-203-v2 Lch-Mir-203 Loc-Mir-203-v2 Mml-Mir-203-v2 Mmr-Mir-203-v2 Mmu-Mir-203-v2 Mun-Mir-203-v2 Neu-Mir-203-v2 Oan-Mir-203-v2 Ocu-Mir-203-v2 Pab-Mir-203-v2 Pbv-Mir-203-v2 Rno-Mir-203-v2 Sha-Mir-203-v2 Spt-Mir-203 Sto-Mir-203-v2 Tgu-Mir-203-v2 Xtr-Mir-203-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
1: 311187378-311187437 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v2) |
Mir-203-v1
1: 311187378-311187437 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-203-v2 1: 311187378-311187437 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUUCGACCCAGACUCAGCUGCCCUGGUCCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUGUGUAGAGAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAUCUGGGUAGGCAUCUUCUGCCGGCAGACCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUUCGACCCAGACUCAG--| U C U G A GUUCUGU CUGCCC GGUC AGUGGUUCU AACA UUCA CA \ GAUGGG CUAG UCACCAGGA UUGU AAGU GU G CCAGACGGCCGUCUUCUACG^ U U U A - UAGAGAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mdo-Mir-203-v2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Mdo-Mir-203-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0004126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-203 |